Ο ναός της Αγίας  Σοφίας του Θεού χτίστηκε από το Μ. Κωνσταντίνο με ρυθμό βασιλικής με τρούλο. Την εκκλησία αυτή αργότερα ο γιος του Κωνσταντίνου, ο Κωνστάντιος τη μεγάλωσε και την έχτισε μεγαλοπρεπέστερη. Στην εποχή όμως του Αρκαδίου, με τις ταραχές που έγιναν για την εξορία του Ιωάννη του Χρυσοστόμου, έγινε στην Πόλη μεγάλη πυρκαγιά και η Αγία Σοφία κάηκε. Στα 415 που ήταν αυτοκράτορας ο Θεοδόσιος Β' ξανάχτισε στην ίδια θέση την Αγία Σοφία ακόμα μεγαλύτερη και μεγαλοπρεπέστερη, όπως πρώτα σε ρυθμό βασιλικής.

Αλλά και πάλι το 532, όταν ήταν αυτοκράτορας ο Ιουστινιανός και έγινε η «στάση του Νίκα», η Αγία Σοφία κάηκε για δεύτερη φορά. Τότε ο Ιουστινιανός φιλοδόξησε να ανοικοδομήσει την Αγία Σοφία. Για να χτιστεί η Αγία Σοφία συγκεντρώθηκαν πολύτιμα υλικά από όλο τον κόσμο. Για να ικανοποιήσει την επιθυμία του ο Ιουστινιανός ζήτησε τη βοήθεια από δύο Έλληνες αρχιτέκτονες. Ήταν ο Ανθέμιος και ο Ισίδωρος. Το τεράστιο αυτό οικοδόμημα τελείωσε έπειτα από αδιάκοπη εργασία 6 σχεδόν χρόνων.

Κατά τη παλιά εποχή, για να μπει κανείς στην εκκλησία έπρεπε να περάσει από τη μεγάλη αυλή, όπου υπήρχε η φιάλη του αγνισμού με την επιγραφή: ΝΙΨΟΝ ΑΝΟΜΗΜΑΤΑ ΜΗ ΜΟΝΑΝ ΟΨΙΝ: καθάρισε τις αμαρτίες σου και όχι μόνο το πρόσωπό σου. Στις 27 Δεκεμβρίου 537 έγιναν τα εγκαίνια της Αγίας Σοφίας. Όταν δε ο Ιουστινιανός έφτασε στη Βασιλική  Πύλη ύψωσε τα χέρια και είπε: «σε νίκησα Σολομών». Δηλαδή εννοούσε ότι η Αγία Σοφία  ήταν ομορφότερη από τον τεράστιο ναό της Ιερουσαλήμ.